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2025-01-10 10:49:44多肽文庫篩選: 多肽文庫篩選是一種高效的生物技術(shù)方法，它利用合成的大量多肽序列來篩選與特定靶標(biāo)（如蛋白質(zhì)、酶、受體等）相互作用的多肽分子。這種方法通過構(gòu)建包含數(shù)百萬種不同序列的多肽文庫，并利用親和篩選、高通量測(cè)序等技術(shù)手段，快速識(shí)別出具有生物活性或特定功能的多肽。多肽文庫篩選在藥物研發(fā)、生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)、疾病診斷與治療等領(lǐng)域具有廣泛應(yīng)用前景。

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多肽文庫篩選問答

2023-01-10 12:42:52貝克曼庫爾特Biomek NGeniuS與IDT文庫制備自動(dòng)化解決方案: 隨著基因組測(cè)序和數(shù)據(jù)分析方法的廣泛普及，越來越多的實(shí)驗(yàn)室正在探索下一代測(cè)序（Next-Generation Sequencing，NGS）作為研究工具的可行性。然而，NGS文庫的手動(dòng)制備過程單調(diào)乏味，根據(jù)所構(gòu)建文庫的類型而異，耗時(shí)從數(shù)小時(shí)到數(shù)天時(shí)間不等，并且操作過程中必須小心謹(jǐn)慎，以避免人工出錯(cuò)導(dǎo)致的制備失敗，浪費(fèi)寶貴樣本。Biomek NGeniuS系統(tǒng)是一款全自動(dòng)文庫制備系統(tǒng)，幫助我們從第一步即確保正確無誤。DNA樣品上機(jī)，撥動(dòng)轉(zhuǎn)盤，按下按鈕，運(yùn)行過程無需值守，每批次可支持運(yùn)行4-24任意數(shù)量的樣品，是實(shí)驗(yàn)室追求靈活性和自動(dòng)化的理想之選。圖1 Biomek NGeniuS全自動(dòng)文庫制備系統(tǒng)IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 便是一款支持自動(dòng)化的試劑盒。該試劑盒提供高一致性的文庫制備方法，獨(dú)特的兩步連接法能夠有效抑制接頭二聚體和模板DNA自連，因而可有效提高文庫轉(zhuǎn)換率，尤其適用于cfDNA和FFPE等低質(zhì)量樣品，有助于研究人員發(fā)現(xiàn)和表征腫瘤樣品中出現(xiàn)的低頻變異位點(diǎn)。圖2 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit工作流程我們使用Biomek NGeniuS系統(tǒng)對(duì)三種不同類型的樣品，cfDNA、FFPE和gDNA，分別構(gòu)建24個(gè)、10個(gè)和4個(gè)文庫。cfDNA 樣品所得文庫平均濃度為16.67ng/μL。cfDNA樣品連接后擴(kuò)增片段平均長度為362bp，長度分布一致且呈正態(tài)。與參考基因組相比，該樣品組從NGeniuS實(shí)驗(yàn)中獲得的所有文庫比對(duì)率為99.49%，配對(duì)的reads比對(duì)到參考基因組的比對(duì)率為99.84%。23份樣品中reads平均重復(fù)率為0.46%。圖3 以cfDNA為起始樣品，在Biomek NGeniuS 系統(tǒng)上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制備文庫的分析結(jié)果。FFPE樣品構(gòu)建的文庫平均片段長度為378 bp，長度呈正態(tài)分布。與參考基因組相比，該樣品組從NGeniuS實(shí)驗(yàn)中獲得的所有文庫比對(duì)率為99.8%，配對(duì)的reads比對(duì)到參考基因組的比對(duì)率為99.84%。10份樣品中reads平均重復(fù)率為0.37%。圖4 以FFPE DNA為起始樣品，在Biomek NGeniuS 系統(tǒng)上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制備文庫的分析結(jié)果。gDNA樣品制備的文庫平均片段長度為391bp，長度分布與 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 的預(yù)期一致。與參考基因組相比，該樣品組從 NGeniuS實(shí)驗(yàn)中獲得的所有文庫的比對(duì)率為99.2%，配對(duì)的reads比對(duì)到參考基因組的比對(duì)率為99.3%。3份樣品中reads平均重復(fù)率為0.56%。圖5 以gDNA為起始樣品，在Biomek NGeniuS 系統(tǒng)上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制備文庫的分析結(jié)果。在Biomek NGeniuS全自動(dòng)文庫制備系統(tǒng)上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep kit構(gòu)建文庫，所得文庫片段大小分布一致，并符合IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit說明書建議的文庫大小范圍。對(duì)三種不同濃度的樣品重復(fù)進(jìn)行測(cè)序，結(jié)果表明，平均文庫大小為362~391bp。所獲文庫比對(duì)率>99.2%，配對(duì)的reads比對(duì)到參考基因組的比對(duì)率>99.3%，重復(fù)率

2023-03-20 12:39:19厭氧菌、絲狀菌等的培養(yǎng)、篩選真的很難嗎？: 新型益生菌高通量厭氧發(fā)酵技術(shù)及應(yīng)用我們使用BioLector XT對(duì)益生菌兩岐雙岐桿菌進(jìn)行厭氧分批培養(yǎng)和補(bǔ)料分批培養(yǎng)，展示其操作的簡單易用性和可行性。您在做絲狀真菌嗎？ ——利用BioLector高通量培養(yǎng)絲狀真菌BioLector系統(tǒng)適用于絲狀真菌如里氏木霉的高通量發(fā)酵，可獲得與傳統(tǒng)搖瓶發(fā)酵基本相同的形態(tài)、纖維素酶產(chǎn)量和生長動(dòng)力。并且利用BioLector的光學(xué)在線測(cè)量能力可應(yīng)用于包括基于報(bào)告基因的纖維素酶誘導(dǎo)的估算以及生長速率的在線測(cè)量。微生物反應(yīng)器可以進(jìn)行細(xì)胞裂解、應(yīng)激及毒性篩選的測(cè)定嗎？BioLector XT高通量微型生物反應(yīng)器它可以同時(shí)進(jìn)行48個(gè)樣品的平行培養(yǎng)，每個(gè)培養(yǎng)體積為微升級(jí)別，并可以在線檢測(cè)各種信號(hào)，實(shí)現(xiàn)靈活補(bǔ)料和PH調(diào)控，且整個(gè)過程無需人員值守。因此無需改變?nèi)魏闻渲?，就既可以滿足微生物的高通量培養(yǎng)，又可以進(jìn)行細(xì)胞裂解、應(yīng)激及毒性篩選的測(cè)定。

2023-05-17 13:40:03AccuSizer 顆粒計(jì)數(shù)器用于蛋白質(zhì)配方篩選和 USP <787> 測(cè)試: 全文共 1386 字，閱讀大約需要 5 分鐘AccuSizer? 自動(dòng)顆粒計(jì)數(shù)分析儀可用于蛋白質(zhì)配方優(yōu)化，最大程度地減少蛋白質(zhì)聚集并執(zhí)行 USP 亞可見顆粒物質(zhì)測(cè)試。簡介動(dòng)態(tài)光散射 (DLS) 是檢測(cè)蛋白質(zhì)粒徑的標(biāo)準(zhǔn)工具，但該方法不提供濃度信息。AccuSizer? 單粒子光學(xué)傳感技術(shù) (SPOS) 系統(tǒng)可用于檢測(cè)聚集蛋白粒徑和濃度，可測(cè)量150nm以上的聚集蛋白濃度。圖 1 顯示了單抗產(chǎn)品熱應(yīng)激前后的 Nicomp? DLS 結(jié)果。加熱后的結(jié)果（藍(lán)色）顯示了高分辨率的多峰結(jié)果，包括從~150 nm開始的較大的聚集峰。AccuSizer 無法檢測(cè)到 10 nm 的顆粒，但可以提供 >150 nm聚集蛋白的定量數(shù)據(jù)。在這項(xiàng)研究中，AccuSizer FX Nano 用于研究各種配方穩(wěn)定化學(xué)物質(zhì)如何影響NIST標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)的最終聚集狀態(tài)。AccuSizer FX Nano也可用于 USP 亞可見顆粒物測(cè)試1。材料使用的蛋白質(zhì)是 NIST 標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì) 8671，批號(hào) 14HB-D002，NIST mAb，人源 IgG1k 單抗2。在Nicomp動(dòng)態(tài)光散射(DLS)系統(tǒng)上，使用35mw激光二極管源，APD檢測(cè)器測(cè)量蛋白質(zhì)的初次粒徑。在配備兩個(gè)傳感器的AccuSizer FX Nano SIS系統(tǒng)上測(cè)量蛋白質(zhì)聚集體:LE-400; 0.5 – 400 μm 和 FX Nano; 0.15 – 10 μm.SIS進(jìn)樣器提供精確的樣品體積，最小進(jìn)樣量低至100 μL且可回收。iFormulate3（圖 2）板預(yù)裝了配方，由 DoE 設(shè)計(jì)用于合理的配方開發(fā)，用于測(cè)試配方的聚集水平。評(píng)估了蛋白配方的四個(gè)主要影響因素；pH、離子強(qiáng)度、緩沖液和穩(wěn)定劑濃度。使用的 iFormulate 板測(cè)試了以下影響因素：? pH：5 – 7.6? 離子強(qiáng)度：0 – 200 mM NaCl? 海藻糖穩(wěn)定劑：0 – 10 %? 緩沖液濃度：10 – 50 mM方法將 NIST mAb 解凍并稀釋至 1 mg/mL，將 160 μL 過濾的去離子水添加到 iFormulate 板的每個(gè)孔中。每孔加入40 μL NIST mAb。將培養(yǎng)皿置于60°C(剛好低于蛋白質(zhì)熔點(diǎn))的烤箱中24小時(shí)。使用 AccuSizer 顆粒計(jì)數(shù)器分析每個(gè)孔。將>0.15 μm(總)和>0.53 μm的顆粒計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)提交給iformula，由iformula進(jìn)行數(shù)據(jù)分析和穩(wěn)定性建模。結(jié)果數(shù)據(jù)使用帕累托分析方法處理，帕累托分析方法在多影響因素下十分有效。帕累托分析給出了影響因素排名和影響因素之間的相互作用。圖 3 和圖 4 分別顯示了 >0.15 μm 和 >0.53 μm 的帕累托分析。顏色表示配方變量對(duì)增加的顆粒計(jì)數(shù)的相對(duì)重要性，藍(lán)色 = 重要，灰色 = 臨界，紅色 = 不太重要。下面的結(jié)果顯示了不同條件下聚集效應(yīng)的 3D 響應(yīng)曲面圖。這種設(shè)計(jì)空間提供了通過檢測(cè)在兩個(gè)粒徑范圍內(nèi)顆粒濃度的方法，以此來確定可最大限度減少聚集配方。圖 5 和圖 6 顯示了在保持緩沖液和 NaCl 濃度不變的情況下，改變 pH 值和穩(wěn)定劑（海藻糖）的結(jié)果。圖5 pH值和穩(wěn)定劑的影響>0.15μm圖6 pH值和穩(wěn)定劑的影響>0.53μm圖 7 和圖 8 顯示了不同 NaCl 和穩(wěn)定劑（海藻糖）濃度的結(jié)果，同時(shí)保持緩沖液濃度穩(wěn)定且 pH 值從 5.91 略微變化到 6.3。圖7 NaCl和穩(wěn)定劑的作用>0.15μm圖8 NaCl和穩(wěn)定劑的作用>0.53μm然后對(duì)這些結(jié)果以及此處未顯示的其他結(jié)果進(jìn)行整理，圖9和圖10顯示了最小粒子數(shù)優(yōu)化圖。圖9 顆粒最小化圖>0.15μm圖10 顆粒最小化圖>0.53μm結(jié)論此處顯示的結(jié)果表明，可最大程度減少顆粒計(jì)數(shù)并因此減少蛋白質(zhì)聚集的最佳化學(xué)制劑為：pH = 6.1 – 6.3NaCl = 40 – 70 mM海藻糖 = 7 – 8%緩沖液 = 50 mMAccuSizer也可用于在≥10和25μm的條件下進(jìn)行USP＜787＞測(cè)試，并可使用A2000 USP微孔板分析儀實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化。

2023-08-09 13:42:02低至3折 | Clean NGS高通量測(cè)序產(chǎn)物純化及片段篩選磁珠限時(shí)促銷

2022-05-06 09:04:16多肽芯片能用在哪里？: 多肽芯片能用在哪里？多肽芯片是一種新型的生物芯片，是研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)或其他物質(zhì)（如核酸、多糖、化合物）之間相互作用最直觀的研究技術(shù)。多肽芯片在諸多領(lǐng)域中具有廣泛的應(yīng)用前景，如疫苗開發(fā)、藥物研發(fā)和篩選、臨床檢測(cè)以及蛋白質(zhì)的基礎(chǔ)功能研究。多肽芯片可用在抗原表位篩選、藥物開發(fā)及篩選、臨床檢測(cè)等。l 多肽芯片在抗原表位篩選方面體現(xiàn)出巨大的優(yōu)勢(shì)，可大量縮短開發(fā)時(shí)間，為前期的抗體篩選提供準(zhǔn)確的指標(biāo)和快速的反饋；l 多肽芯片為藥物開發(fā)及篩選提供有效的解決平臺(tái)，可有效提高新藥研發(fā)的成功功率，降低研發(fā)失敗的可能性，加快藥物研發(fā)進(jìn)程；l 現(xiàn)代醫(yī)療技術(shù)顯示，大多數(shù)疾病與蛋白質(zhì)表達(dá)異常有關(guān)，通過檢測(cè)患者樣本中的蛋白活性即可找到其發(fā)病機(jī)理，多肽芯片技為該難題提供了快捷的方法，使得對(duì)癥下藥成為可能。 Aurora提供多肽芯片的制備用到的微陣列點(diǎn)樣設(shè)備——多肽芯片點(diǎn)樣儀Aurora多肽芯片點(diǎn)樣儀采用化學(xué)固相合成法，可按需制備穩(wěn)定的多肽微陣列芯片，如新冠病毒原始毒株及其突變體奧密克戎S蛋白、N蛋白的微陣列芯片，更多產(chǎn)品詳情可進(jìn)一步了解產(chǎn)品價(jià)格或技術(shù)參數(shù)等信息，直接聯(lián)系A(chǔ)urora員。【內(nèi)容源自Aurorabiomed公眾號(hào)《多肽芯片為什么那么火？》，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明】Aurora集團(tuán)30年來致力于制造生物醫(yī)藥領(lǐng)域自動(dòng)化高通量設(shè)備。