
- 2025-01-21 09:31:20羅丹明標記肽
- 羅丹明標記肽是一種經過特殊標記的肽類化合物,其中羅丹明作為一種熒光染料,通過化學鍵與肽鏈相連。這種標記技術使得肽在特定波長光的激發下能夠發出熒光,從而便于在生物實驗中進行追蹤、檢測和定量分析。羅丹明標記肽廣泛應用于生物學研究、藥物開發以及疾病診斷等領域,如用于細胞成像、蛋白質相互作用研究及酶活性檢測等。其高靈敏度和特異性為科學研究提供了有力工具。
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羅丹明標記肽問答
- 2022-07-22 15:27:25熒光定量PCR實驗,熒光標記怎么選?
- 熒光定量PCR技術是將常規的PCR和熒光檢測技術相結合,利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程,以此實現對初始模板的定量分析。熒光定量PCR技術作為當今生物學研究的重要手段之一,在基礎科學、生物技術、醫學研究、法醫學、診斷學等多方面具有廣泛的應用前景。說到熒光定量PCR技術,我們經常會問類似于“你的實驗是染料法還是探針法”,“你用的探針是什么類型”等之類的問題,這其實是對熒光標記的選擇。根據熒光標記的不同,可以將熒光定量PCR實驗分為探針法和染料法兩大類。染料法染料法利用能與DNA雙鏈結合的染料來實現,如SYBR Green I。該染料在游離狀態下呈現微弱的熒光,一旦與雙鏈DNA的雙螺旋小溝結合,其綠色熒光增強約1000倍。因此其總的熒光強度與雙鏈DNA含量成正比,利用這一關系可以反映生成的PCR產物的量(圖 1)。SYBR Green I的吸收約在497 nm,發射波長約在520 nm,與FAM熒光分子的光譜性質類似,因此在所有的熒光定量PCR設備中都是通道檢測,即“FAM/SYBR Green I”通道。▲ 圖1 染料法原理圖理論上,所有能與雙鏈DNA結合的染料都可以用于qPCR檢測,如溴化乙錠EtBr,碘化丙啶PI,吖啶橙、Cy3等。而選擇用于qPCR反應的染料通常會從信號強度、生物安全性、檢測簡便性和經濟適用性這幾個因素考慮。例如EtBr可能存在潛在的致癌性。綜合考慮下來,SYBR Green I成了比較理想的選擇。目前,使用Evagreen的實驗者也越來越多,Evagreen作為一種新型的染料,其光譜性質與SYBR Green I類似,其優勢在于:? 對PCR反應的抑制程度小。高濃度SYBR Green I會強烈抑制PCR反應,因此要控制其使用濃度,一定程度上降低了DNA檢測的靈敏度。? 與DNA結合密度高。單位長度的DNA雙鏈上Evagreen的密度更高,為飽和型染料,消除了SYBR Green I存在的“染料重分布”的缺陷,提高檢測靈敏度的同時也可用于高分辨率溶解曲線HRM。? 化學性質更穩定,適合長期保存。TaqMan 探針TaqMan 探針基本可以滿足60%以上的qPCR實驗,如常規的基因表達和拷貝數變異CNV實驗。TaqMan 熒光探針是一種寡核苷酸探針,熒光基團連接在探針的5'末端,而淬滅劑則在3'末端(圖2)。PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針,探針完整時,報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收; PCR擴增時, Tag酶的5'-3'外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,從而熒光監測系統可接收到熒光信號,每擴增一條DNA鏈,就有一個熒光分子形成,實現了熒光信號的累積與PCR產物形成完全同步。常用的熒光基團是FAM,TET,VIC,HEX。▲ 圖2 Taqman探針MGB探針對于要分辨單堿基差異的SNP實驗,采用對堿基錯配容忍度更低的MGB探針,在淬滅基團后加入了DPI3基團(圖3),從而提高了與靶標結合的親和力;而且可以對靶點堿基進行化學修飾,如PeptideNucleic Acid和Locked Nucleic Acid。▲ 圖3 MGB探針雙雜交探針Taqman探針對探針的長度有比較嚴格的要求,雙雜交探針則消除了這一“缺陷”。雙雜交探針是由兩條寡核苷酸單鏈組成,一條的3’端帶有供體熒光分子,另一條的5’端帶有受體熒光分子(圖4)。游離狀態下熒光供體會發出熒光,但當兩條單鏈都匹配到模板鏈上時,就會發生熒光共振能量轉移FRET,受體熒光分子就可以發出熒光,其熒光強度與生成的產物的量成正比。雙雜交探針的優勢有兩點:擺脫了探針長度的限制,較長的探針可以提高與模板匹配的成功率;只有上下游兩條探針都正確匹配后才能檢測到受體熒光分子發出的熒光,特異性有所提高。▲ 圖4 雙雜交探針分子信標探針游離狀態下,分子信標探針是一種莖環結構,其環狀部分的15-30個堿基可以與靶標區域相結合匹配,下端的配對區域(左右一般各5-6個堿基)則由重復的GC組成,從而將5’的熒光分子和3’的淬滅基團緊緊聚在一起,熒光發生淬滅;當退火時,分子信標探針解開環并與模板靶標雜交,這樣熒光分子和淬滅基團的物理距離就變大了,熒光淬滅的前提就打破了(圖5)。除了MGB探針,分子信標探針也非常適合用于SNP檢測。▲ 圖5 分子信標探針除了上述幾種類型的探針之外,還有嘗試將引物和探針功能相結合的技術,如Amplifluor、LUX等,在設計難度上有所提高,但使用時更簡便。各有其應用的側重點和設計上的利弊,在此不多贅述。那么在熒光定量PCR實驗中,我們應該如何進行選擇呢?在這里,給大家總結了一些兩種方法的區別,供大家參考。表1 染料法和探針法的區別
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- 2023-07-06 09:40:26野生菌正當季,普瑞邦新品助力鵝膏毒肽檢測
- 野生菌又稱蘑菇、蕈,是一類大型真菌,按照能否食用,可分為食用菌和有毒菌。多數毒蘑菇的毒性較低,中毒表現輕微,但有些蘑菇毒素的毒性極高,可迅速致人死亡。一種毒蕈可能含有多種毒素,一種毒素可存在于多種毒蕈中。確定毒性較強的蘑菇毒素主要有鵝膏肽類毒素(毒肽、毒傘肽)、鵝膏毒蠅堿、光蓋傘素等。黃蓋鵝膏劇毒 有毒鵝膏基本都具有菌環和菌托這兩個特征結構,但是有些食毒不明或可食鵝膏也具有這兩個特征,一些著名的味道鮮美的可食鵝膏,例如橙蓋鵝膏、隱花青鵝膏同樣既有菌環又有菌托,而某些劇毒鵝膏又與可食鵝膏外觀長得非常相似,例如劇毒的灰花紋鵝膏和可食的隱花青鵝膏,因此對于老百姓來說,很難從外觀上來區分哪些是可食鵝膏,哪些是有毒鵝膏。 據統計,在誤食毒蘑菇導致的中毒死亡事件中,高達70%的事件是因為誤食劇毒鵝膏菌引起的。鵝膏菌的致死性毒素是鵝膏肽類毒素,根據其氨基酸組成和結構可以分為鵝膏毒肽、鬼筆毒肽和毒傘肽三類。其中,鵝膏毒肽是一種雙環八肽,其化學性質十分穩定,一般的烹調加工無法破壞其毒性。 野生菌正當季,普瑞邦順勢推出檢測鵝膏毒肽毒素快速定性檢測試紙條新品,為科學識別毒蘑菇助一臂之力。本產品采用膠體金免疫層析法,可用于快速檢測蘑菇相關樣品中鵝膏毒素的殘留量,整個檢測過程只需 10 分鐘,適用于各類企業及檢測機構進行現場快速篩查。產品編號產品名稱產品規格PRS-AM10PriboStrip?鵝膏毒肽快速定性檢測試紙條25T 普瑞邦推出α-鵝膏毒肽等6種蘑菇毒素檢測標準品。在BJS 202008方法規定中蘑菇中α-鵝膏毒肽、β-鵝膏毒肽、γ-鵝膏毒肽、羧基二羥基鬼筆毒肽、羧基三羥基鬼筆毒肽和二羥基鬼筆毒肽6種蘑菇毒素可采用液相色譜-串聯質譜方法進行測定。普瑞邦蘑菇毒素檢測標準品產品編號產品名稱STD#9101Pribolab?10 μg/mLα-鵝膏毒肽/水STD#9102Pribolab?10 μg/mLγ-鵝膏毒肽/水STD#9103Pribolab?10 μg/mL 羧基二羥鬼筆毒肽 (Phalloidin)/水STD#9105Pribolab?10 μg/mL 二羥鬼筆毒肽 (Phalloidin)/水STD#9106Pribolab?10 μg/mL β-鵝膏菌素 (β-Amanitin)/水STD#9108Pribolab?10 μg/mL 羧基三羥鬼筆毒肽 (phallisacin)/水溫馨提示: 有些毒蘑菇和食用菌的外觀相似,且并沒有快速可靠的鑒別方法,根據傳統的特定經驗和方法識別正是造成誤食毒蘑菇中毒的原因之一。因此要避免毒蘑菇中毒事件的發生,最重要的就是不吃野生菌、不自行采摘野生菌。
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- 2022-12-14 14:26:52naica?微滴芯片數字PCR系統對韓牛分子標記物的準確評估
- 導讀韓牛(Bos taurus coreanae)是一種馴化的哺乳動物,在韓國消費市場作為食物資源,其牛肉消費量遠超其他品種,這種消費模式導致了區分韓牛和其他牛品種的分子研究的出現。不僅是牛,其他經濟動物的不同品種在市場中的經濟價值也存在較大的差異,所以準確進行種質鑒定勢在必行。在之前的一項研究中,使用傳統的PCR方法和Sanger測序驗證確定了由TE關聯缺失事件產生的韓牛特異性SV。它可以用作區分不同牛品種的分子標記(即韓牛與荷斯坦牛)。然而,PCR存在缺陷,每個樣品都有各種最終拷貝定量。為了克服傳統PCR的局限性,并準確評估先前研究中確定的韓牛特異性SV位點,檀國大學生物醫學科學系聯合畜牧研究所和檀國大學醫學院,使用naica??微滴芯片數字PCR系統對韓牛特異性SV位點進行了更為精確的檢測,并將成果《Quantitative evaluation of the molecular marker using droplet digital PCR》發表在Genomics & Informatics雜志上。轉座元件(TEs)約占牛基因組的一半。它們可以是一個強大的物種特異性標記,在基因組進化時沒有結構變異(SV)的回歸突變。因此,作者應用naica??微滴芯片數字PCR系統對韓牛特異性SV進行準確的定量檢測。雖然樣品在韓牛群體中的等位基因頻率變化較低,但naica??微滴芯片數字PCR系統可以通過絕對定量進行高靈敏度檢測,可以做到比PCR更準確的定量。所以naica??微滴芯片數字PCR系統平臺相比于傳統PCR更適用于分子標志物的定量評價。應用亮點:? 使用naica?微滴芯片數字PCR系統對韓牛特異性SV進行準確的定量檢測。? dPCR測定在計數單分子和分析特定群體的少量拷貝時可以高精度地定量,與qPCR相比,具有更高的準確性。? 經過sanger測序,確定了naica??微滴芯片數字PCR系統檢測準確無誤,且操作和成本均低于測序。? naica??微滴芯片數字PCR系統適用于分子標志物的定量評價。實驗方法:檢測樣本信息:共提取了五個棕色韓牛DNA和五個荷斯坦DNA作為實驗樣本。檢測方法:為了更準確地檢測韓牛特異性SV,將“Del_96”位點應用于naica??微滴芯片數字PCR系統(Stilla Technologies)。進行naica??微滴芯片數字PCR系統前確認韓牛和荷斯坦牛的DNA的濃度定量。FAM引物組和FAM探針用于檢測韓牛和荷斯坦牛基因組。VIC引物組和VIC探針設計在韓牛特異性缺失(圖 1B)。因此,FAM引物組和FAM探針(陽性對照)設計在所有牛DNA中檢測。VIC引物組和VIC探針設計用于僅檢測韓牛的熒光。▲圖 1B實驗結果:FAM染料在所有牛基因組中均被檢測到,VIC染料僅在韓牛樣品中顯示出顯著的檢測。這表明所有韓牛基因組都包含特定的缺失序列(Del_96區域)。在韓牛樣品中檢測到VIC染料的信號平均濃度為243(copies/ μL)。雖然在荷斯坦樣品中也檢測到平均濃度0.12(copies/μL)的VIC染料信號,但這些信號相比韓牛可忽略不計。▲naica?微滴芯片數字PCR系統檢測韓Del_96和荷斯坦樣品之間區域的絕對拷貝數比較。濃度圖在 X 軸上指示樣品數,在 Y 軸上指示對數刻度條(拷貝/μL)。(A)在所有樣品中檢測到FAM熒光。韓牛樣品的絕對拷貝數大約是荷斯坦樣品的兩倍。(B)僅在韓牛樣品中強烈檢測到VIC熒光。最后,文章Results and Discussion給出-數字PCR適合作為驗證物種特異性標記的平臺。綜上,對于naica??微滴芯片數字PCR技術,準確定量絕對拷貝數是一個關鍵特征,相比qPCR準確性更高,naica?微滴芯片數字PCR為本文的檢測提供了有利的支持,也驗證了這一特征。在不久的將來,通過將物種識別工具應用于naica??微滴芯片數字PCR系統,它作為大樣本量物種鑒定平臺具有巨大潛力。所以naica??微滴芯片數字PCR系統適合作為驗證物種特異性標記的平臺。期刊介紹:Genomics & Informatics是由韓國基因組組織發行的涉及農業和生物科學、生物化學、遺傳學、分子生物學、健康信息學等領域的期刊。
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- 2022-04-29 12:54:04直播回顧 | 抽絲剝繭,超多重免疫標記解密腫瘤微環境之奧秘
- 4月20日上午,徠卡與轉化醫學網共同舉辦了網絡研討會——“抽絲剝繭,超多重免疫標記解密腫瘤微環境之奧秘”。徠卡生命科學部的高級應用專員劉繼紅和Cell DIVE應用科學家Michael Smith為廣大觀眾揭示了CELL DIVE 超多重標記解決方案如何輕松應對復雜的腫瘤微環境,為臨床腫瘤的研究和治 療提供了優秀的研究工具。Indica Labs應用科學家趙永田重 點介紹了在HALO中對獲取的Cell DIVE圖像的處理、分析步驟以及如何進行高緯的空間生物學分析,用以了解腫瘤微環境中腫瘤細胞和免疫細胞的相互作用關系對研究腫瘤免疫應答的作用機制。01CELL DIVE使用的抗體是開放的嗎?有大約多少種經過驗證的抗體?A:CELL DIVE 的抗體是開放的,有350種以上的抗體經過驗證的抗體可以使用。02CELL DIVE可以在臨床上用嗎,是否有注冊證?A:目前沒有注冊證,正在申請中。03這個平臺的檢測聯系哪位呢?A:可以聯系Leica公司各地的應用支持和銷售。04這個染色是儀器自動染色嗎?A:可以手動染色也可以和自動染色儀聯用自動染色。05哪個實驗室可以檢測?A:Leica公司有DEMO機,可以提供一定的演示。06成像是全片還是一個視野?A:成像儀可以選擇全片成像或者選取一個或多個視野成像。07怎樣避免非特異性染色 ?核陽性的和胞漿包膜可以隨意搭配嗎?A:首先要選擇特異性好的抗體,我們抗體庫的抗體都是經過驗證的抗體。細胞核陽性和胞漿包膜理論上可以自由搭配。08每一輪染完了,除了染料失活,是不是還需要去除一抗?A:每一輪染色成像完成,染料失活 不需要去除一抗。09CELL DIVE是不需要摸索一抗濃度的嗎,固定的protocol會不會造成有的組織染不出來有的組織卻染色過強?A:徠卡的protocol適用于絕大多數的組織,有些組織的某個marker 表達特別高或者特別低,可能需要修改抗體濃度。10抗體是什么方法學檢測標記?除了主講人介紹的熒光濾鏡,能否使用其他的熒光標記和濾鏡?A:抗體驗證時參照同樣marker的免疫組化的結果;為了減少串色的發生,我們推薦使用Cy2、Cy3、Cy5、Cy7光譜基本相同的染料標記。11成像也是設備自動化進行的嗎?A:成像時設備自動進行的,但是可以在拍照前根據樣本的染色情況進行優化。12Did you find any nonspecific staining while utilizing the different CD markers for immune cells?(Michael Smith)A:The Cell DIVE solution comes with a list of 350+ antibodies that have been validated for use with the workflow, and for specificity and sensitivity. For antibodies that are not used from the list, we provide details on a three part antibody validation process that also ensures that antibodies used are specific. In the case of residual nonspecific signal, this is likely removed by the autoflourescence imaging and removal of that signal that occurs at every round. So, in our hands, nonspecific staining is minimized at the level of antibody quality control and the image processing that the software performs.13關于細胞間鄰近距離的分析,我們如何設定所計算的距離范圍?A:關于細胞間鄰近距離的分析,所定義距離的范圍目前還沒有相應的標準。考慮到不同細胞亞型的相互作用,不同免疫細胞亞群之間鄰近距離的設定可能需要不同的標準。在分析中,HALO可以對距離進行設定,并按照不同的區間(例如0~5μm,5~10μm,10~15μm……)給出鄰近細胞的數量和密度。分析中先進行預分析,根據不同距離范圍內免疫細胞的密度和臨床信息進行相關性分析。再把確定的距離應用到所用的樣本切片中。14在分析過程中,我們可以選擇局部視野進行分析嗎?還是僅能對全組織切片進行分析?A:分析中,我們建議針對全景組織切片進行分析,但HALO也可以定義ROI區域進行選擇性的視野進行分析。這兩種分析方法在HALO里都可以實現的。
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- 2021-09-01 11:46:11化學發光試劑吖啶酯在抗體蛋白上的標記
- 診斷試劑中化學發光底物吖啶酯的標記原理化學發光免疫檢測中,我們用吖啶酯先標記上抗體蛋白,才能在免疫反應后對待測物進行檢測,因此如何標記抗體就非常的關鍵了。吖啶鹽和相關化合物已被廣泛證明為非常有用的化學發光標記物,其穩定性、標記特異性和檢測靈敏度都超越放射性同位素。吖啶酯-NHS即吖啶琥珀酰亞胺酯(本試劑盒所提供)能與蛋白質的一級氨基發生反應。在堿性條件下,NHS作為離去基團被取代,蛋白質與吖啶酯形成穩定的酰胺鍵。反應完成后,多余的吖啶鹽通過脫鹽柱除去。在堿性過氧化氫存在下,吖啶標記的蛋白不需要酶催化就可自行發光。因此激發液的加入導致反應體系立即釋放約430nm的光子,通過使用標準光度計luminometer計數光子數量就可檢測蛋白質的濃度。因為此發光過程是十分短暫(整個過程在2秒鐘內完成),樣品必須直接放在光度計內部光子探測器前面。蛋白質、多肽、抗體、核酸都可以用吖啶酯標記。化學發光試劑這里需要注意的是,溶解吖啶琥珀酰亞胺酯時,使用的DMF必須嚴格無水,防止吖啶酯水解不使用時,干燥密封-20°℃保存。針對傳統吖啶酯,在其結構上進行了修飾,增大了位阻,增強了抗水解性。如在室溫下,在pH為7.0的PB緩沖液中很穩定。如果是不含-NHS的吖啶羧酸需要加入縮合劑EDCI等,才能與含胺基的蛋白發生偶聯反應。吖啶酰肼,含有游離氨基,吖啶酰肼末端適用直接偶聯含有醛基的多糖核酸或者蛋白質等。德晟自05年就開始研發生產血液檢測體外診斷方面試劑,對新型Trinder's試劑、生物緩沖劑及化學發光試劑有著較深的研究,專業的研發團隊和生產設備,目前,公司的生產設備、工藝和流程都是新升級的。每一件產品都經過專業質量人員檢測認證,確保產品質量。可以放心購買。歡迎詢價。
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